#!/bin/bash
#$ -cwd -V

module load EBModules
module purge
module --ignore-cache load DefaultModules EBModules Python/3.7.4-GCCcore-8.3.0


macs2 callpeak -t P_P2F3_hg38_sorted.bam -c P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n P_P2F3_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg
macs2 callpeak -t P_HA_hg38_sorted.bam -c P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n P_HA_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg

macs2 callpeak -t T1P_P2F3_hg38_sorted.bam -c T1P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n T1P_P2F3_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg
macs2 callpeak -t T1P_HA_hg38_sorted.bam -c T1P_IgG_hg38_sorted.bam hs -f BAM -g hs -n T1P_HA_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg

macs2 callpeak -t T2P_P2F3_hg38_sorted.bam -c T2P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n T2P_P2F3_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg
macs2 callpeak -t T2P_HA_hg38_sorted.bam -c T2P_IgG_hg38_sorted.bam hs -f BAM -g hs -n T2P_HA_hg38_callpeaks --call-summits -q 0.01 --bdg



macs2 callpeak -t T2P_H3K27ac_hg38_sorted.bam -c T2P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n T2P_H3K27ac_hg38_callpeaks --broad -q 0.01 --bdg

macs2 callpeak -t T1P_H3K27ac_hg38_sorted.bam -c T1P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n T1P_H3K27ac_hg38_callpeaks --broad -q 0.01 --bdg

macs2 callpeak -t P_H3K27ac_hg38_sorted.bam -c P_IgG_hg38_sorted.bam -f BAM -g hs -n P_H3K27ac_hg38_callpeaks --broad -q 0.01 --bdg